和往常一样在游学的小智(松本梨香配音)、小刚(上田·伊什吉配音)和小霞(饭冢雅弓配音)搬到了水都奥多梅尔参加激动人心的水上比赛。奥多梅尔有一个奇妙的传说。很久以前，岛上的一对老夫妇发现了一对孤儿兄妹。当恶灵出现时，两兄弟姐妹变成了强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯。他们打败了恶灵，并给了奥多梅尔人一颗名为“心灵之水”的宝石作为守护者。直到今天，圣灵的降临已经引起了一对盗贼姐妹(由释由美子配音)的觊觎。他们在追踪妹妹LaDias(折笠富美子配音)的时候被小智挫败了，贪婪会给水都带来前所未有的灾难……这部电影是《神奇宝贝》系列的第五个电影院版本。